Не проявлял интереса к политике и заявлял, что стал халифом лишь по ошибке в силу действия наследственного принципа передачи власти. Его правление прошло под знаком конфликта с Абдуллахом ибн аз-Зубайром, провозглашенным незадолго перед этим халифом своими сторонниками.

Отрёкся от престола в июне 684 за месяц до своей смерти. Причина смерти до конца неясна.

Находился у власти около полугода после смерти своего отца Язида I. Последний представитель суфьянидской ветви Омейядов. По обоим родителям происходил из племени курайшитов. Его дед по материнской линии Хашим ибн Абу Утба (? – 650 г.) был губернатором Басры, когда в 660 году его дочь вышла замуж за будущего халифа Язида I. Муавия был старшим из его шести братьев и множества сестер. Говорят, что он родился в день провозглашения в качестве халифа своего деда по отцовской линии Муавия I (603 г. – 6 мая 680 г.), 1-го Омейядского халифа арабов (661 г. — 6 мая 680 г.).

Браки Муавия были спорными и проблематичными. Его дед Муавия I хотел, чтобы он взял в жены женщину из другого племени и, таким образом укрепил власть династии. Муавия II так и поступил, но его жена умерла в 677 г. Затем он женился снова в 678 г. и 680 г., но развелся в 682 г. из-за отсутствия детей. Язид I заставил его жениться на четвертой жене в 683 г., иностранной принцессе, чтобы расширить сферу влияния халифата. Муавия презирал эту женщину, и как только Язид I умер, они развелись.

Не проявлял интереса к политике и заявлял, что стал халифом лишь по ошибке в силу действия наследственного принципа передачи власти. Его правление ознаменовалось гражданской войной между Омейядами и Хашимитами, которая была вызвана битвой при Кербеле 10 октября 680 г. (на территории современного Ирака) между отрядом внука пророка Мухаммада (22 апреля 571 г. — 8 июня 632 г.) Хусейна ибн Али (8 января 626 г. — 10 октября, 680 г.) и силами халифа Язида I и осадой Каабы. К счастью для халифата Омейядов Язид I вскоре умер в 683 г. и ему наследовал его сын.

Приход к власти Муавия был встречен с безразличием мусульманами, так как они ничего о нем не знали. Однако, когда Муавия заявил, что будет проходить прекращение войны, был достигнут общий консенсус в его отношении. Муавия заявил, что война в Медине и Мекке была безумием и кощунством, и особенно ущерб, нанесенный Каабе.

При его правлении были приняты три закона: о защите прав женщин, о том, что ни один человек не должен быть предан смерти за преступления, об обязательном налоге на благотворительность. Законы были отменены после его смерти.

В начале 684 г. конфликт с Абдуллой ибн аль-Зубайром усилился. Абдулла ибн аз-Зубайр был сыном одного из самых выдающихся сподвижников Пророка Мухаммада – аз-Зубайра ибн аль-Аввама, внуком первого праведного халифа Абу Бакра. К 684 г. практически все провинции Халифата признали власть Абдуллы ибн аз-Зубайра, и поэтому в соответствии с канонами Ислама он стал законным халифом. Омейяды контролировали лишь территорию Сирии и часть Египта.

Муавия отверг все попытки атаковать Медину и Мекку. Вместо этого он послал посольство к Ибн аль-Зубайру и предложил тому стать его наследником, так как у него нет детей. Зубайр отклонил предложение, мотивируя тем, что Муавия еще молод и может иметь много детей. Посольство было арестовано. Затем Муавия послал другое посольство, заявив, что готов отречься от престола. Отрёкся от престола в июне 684 за месяц до своей смерти.

Фактически вместо него правил его приближенный Даххак ибн Кайс, который позднее сам признал халифом Абдуллу ибн аз-Зубайра. Власть нового халифа признали также правители Хомса и Палестины. Правитель Урда Хасан аль-Кальби, будучи сторонником Омейядов, хотел привести к власти другого сына Язида I – Халида, но не все Омейяды поддержали его.

Наследником престола Омейядов стал двоюродный брат Муавия II Марван I, основатель марванидской ветви Омейядов.

Есть версия, что причиной смерти Муавии II было отравление.